Polska Publiczna Szkoła Powszechna w Rafałówce została założona w styczniu 1916 roku dzięki staraniom ks. Stanisława Nawrockiego, proboszcza parafii w Zabłudowie w latach 1911-1927. Pierwszymi nauczycielami byli: kierownik Józef Langiewicz i Maria Kuprianowicz. Pracowali oni od założenia szkoły do roku 1920. Pierwotnie zajęcia prowadzono w wynajmowanych domach: u Stefana Skowrońskiego i Pawła Pietraszewicza. Po dwóch latach gospodarze wymówili lokal i szkołę przeniesiono do domu Jana Szymaniuka. Tam zajęcia odbywały się w latach 1918 - 1930.

         W 1930 roku szkołę przeniesiono do Domu Ludowego, a drugi lokal wynajęto u Jana Karczewskiego. W tych latach, aż do czasu wybuchu II wojny, zajęcia prowadzili nauczyciele: Eugenia Lisota, Henryk Ginder, Waleria Klimowicz, Jadwiga Adamska, Julian Gruntowicz, Teodozja Nawrocka, Kazimiera Pull, Franciszek Pull. W 1933 roku dzięki staraniom władz, wójta Jana Piłaszewicza, miejscowej ludności i ówczesnego kierownika szkoły Franciszka Pulla rozpoczęto budowę nowego budynku. Drewno  o wymiarach 30 x 15,50 m, ufundował właściciel majątku ziemskiego w Rafałówce – Mikołaj Kawelin. Do wybuchu wojny w 1939 roku w Rafałówce mieściła się szkoła drugiego stopnia o sześciu klasach i trzech nauczycielach.  

      Podczas wojny w budynku szkoły stacjonowali żołnierze niemieccy. Tajne nauczanie prowadzili; Kazimiera i Franciszek Pullowie oraz siostry Jadwiga i Maria Wrońskie. W 1940 roku działała szkoła z białoruskim i rosyjskim językiem nauczania. Jej kierownikiem był Wiktor Kuryłowicz z Kamionki. Pracowali w niej nauczyciele: Olga Owerko, Henryk Dudziński, Zofia Sobolewska. W tym czasie część uczniów przeszła do Dobrzyniówki, do szkoły z polskim językiem nauczania.

      Pierwszymi nauczycielami po wojnie, którzy rozpoczęli pracę w szkole od października 1944 roku byli: kierownik Bohdan Borys i Zdzisław Kania. Budynek był zdewastowany, pozbawiony szyb, podziurawiony od pocisków. Jednak część sprzętu ocalała, ponieważ była przechowywana przez miejscową ludność.

      W latach 1945 – 1951 kierownikiem szkoły była Maria Szynkiewicz. Od drugiego semestru roku szkolnego 1946/47 do pracy przyszła Krystyna Waśniewska, a w roku 1946-1947 została zatrudniona Jadwiga Gradowska. W latach 1944-1947 były prowadzone cztery klasy. Kolejna została dodana w roku szkolnym 1947/48. W tym czasie do szkoły uczęszczało 115 uczniów ze wsi Rafałówka, z kolonii i Borowików.

     Od września 1951 roku podniesiono stopień organizacyjny szkoły do siedmiu klas o trzech nauczycielach. Dotychczas w szkole pięcioklasowej pracowały dwie nauczycielki: kierownik Maria Szynkiewicz i Jadwiga Zawistowska.

     1 września 1951 roku odeszła Maria Szynkiewicz, a kierownictwo objęła Eugenia Bołdak. Zatrudniono nową nauczycielkę Reginę Hancewicz, nadal uczyła także Jadwiga Zawistowska. Oddano też do użytku młodzieży nowo wyremontowaną po wojnie salę lekcyjną. Aktywni członkowie Komitetu Rodzicielskiego: Wincenty Cieśluk – sołtys, Józef Sawicki, Stanisław Prus, Józef Adamski, Jan Prus i inni założyli sobie w planie remont kolejnych sal lekcyjnych, uporządkowanie i ogrodzenie placu szkolnego.

    24 sierpnia 1954 roku odeszła z pracy Jadwiga Zawistowska, a 21 września Regina Hancewicz. Na ich miejsce zatrudniono Alinę Gawieńczyk i Tadeusza Seweryna. 21 sierpnia 1955 roku z pracy odeszli Tadeusz Seweryn oraz Alina Gawieńczyk. Zatrudniono małżeństwo Marię i Romualda Szerszuń, którzy zamieszkali na poddaszu szkoły oraz Irenę Kaszewską. Od pierwszego września 1956 roku w skład Rady Pedagogicznej wchodzili: Eugenia Bołdak – kierownik, Teresa Szymaniuk, Zenobia Kurowska oraz Krystyna Ramotowska, a od roku szkolnego 1959/60 – Danuta Tarasewicz i Wasyl Opolski. W 1959 roku założono w szkole telefon, a w kolejnym na wniosek Eugenii Bołdak powołano Koło Gospodyń Wiejskich. W 1960 roku nauczyciel Wasyl Opolski został oddelegowany do pracy w Komitecie Powiatowym PZPR. Na jego miejsce zatrudniono Cecylię Bołdak. 12 grudnia 1960 roku zorganizowano Szkołę Przysposobienia Rolniczego w Rafałówce, która funkcjonowała do czerwca 1968 roku. Jej kierownikiem została Eugenia Bołdak. Naukę podjęło 23 uczniów. W 1960 i 1961 roku na konferencji kierowników szkół, szkoła w Rafałówce zdobyła uznanie inspektora oświaty jako wyróżniająca się w podejmowaniu działań na rzecz lokalnego środowiska. W roku szkolnym 1966/67 podniesiono stopień organizacyjny szkoły do ośmiu klas i czterech nauczycieli. W sierpniu 1972 roku odeszła na emeryturę kierownik szkoły Eugenia Bołdak. Jej obowiązki przejęła od 1971 do 1972 roku Felicja Karczewska, a w roku szkolnym 1972/73 Jerzy Kunat. W tym czasie szkoła liczyła 85 uczniów.

       W latach 1975 – 1987 Szkoła Podstawowa w Rafałówce obniżyła swój poziom organizacyjny. Prowadziła nauczanie w klasach I – III oraz oddział przedszkolny. Stała się filią Szkoły Podstawowej w Dobrzyniówce, do której uczęszczały dzieci z klas IV – VIII. Pod kierownictwem Jerzego Kunata zmodernizowano budynek szkoły, dobudowując kotłownię i instalując centralne ogrzewanie. Kosztem sal lekcyjnych urządzono sanitariaty. Prace remontowe zostały zakończone dopiero przez kolejnego kierownika – Jadwigę Kunat. Po niej w latach 1991 - 2001 zarządzała szkołą Krystyna Zwada., a następnie od 2002 do 2003 roku Helena Granacka.

       W szkole najdłużej funkcjonowały takie organizacje, jak Szkolne Koło PCK założone przez Marię Szynkiewicz, które działało od 1947 do 1975 roku, a także Drużyna Harcerska założona przez Teresę Szymaniuk w 1959 roku do 1987 roku. Nauczyciele prowadzili liczne koła zainteresowań, wycieczki, obozy, biwaki, rozgrywki sportowe. Na uwagę zasługuje też praca personelu technicznego. Po wojnie pierwszym woźnym był Nestor Gulko, następnie: Konstanty Nosorowski, Olga Pietraszewicz, Teresa Małaszewicz i obecnie Aleksandra Tarasiuk i Marianna Picewicz.

      W nocy z 15 na 16 czerwca 2003 roku spłonął budynek szkoły Podstawowej w Rafałówce. W tych tragicznych okolicznościach śmierć poniosła ówczesna dyrektor szkoły – Helena Granacka. Ta tragedia postawiła pod znakiem zapytania dalsze istnienie szkoły. Jednak niedługo po pożarze mieszkańcy Rafałówki i okolicznych wsi powołali Społeczny Komitet Odbudowy szkoły, na czele którego stanął Dariusz Drewnowski. W prace tej społecznej inicjatywy zaangażowali się; sołtys wsi – Genowefa Prus, radny – Andrzej Szum, przedstawiciele rodziców – Józef Prus, Kazimierz Grzegorczyk, Małgorzata Prus, przedstawiciel Związku Nauczycielstwa Polskiego – Jarosław Kałmucki, burmistrz Zabłudowa – Mieczysław Ładny. Na rok zawieszono działalność placówki, a nauczycielom zapewniono pracę w szkołach na terenie gminy. Mieszkańcy czynnie uczestniczyli w odbudowie szkoły. W czynie społecznym uprzątnięto pogorzelisko. Komitet Odbudowy Szkoły wraz z burmistrzem wystąpili do Ministerstwa Edukacji Narodowej i Sportu o wsparcie finansowe. Otrzymali subwencję 254 tys. zł, tj. połowę szacunkowych kosztów odbudowy, drugą połowę pokryła gmina z własnego budżetu. 29 grudnia 2003 roku został wmurowany kamień węgielny pod budowę nowej szkoły.

          1 września 2004 roku uroczyście rozpoczęto rok szkolny w nowym budynku. Podczas uroczystej inauguracji obecni byli  poseł Krzysztof Jurgiel, Podlaska Kurator Oświaty – Zofia Trancygier – Koczuk, wizytator Andrzej Korolczuk, przedstawiciele ZNP, władz gminy i wsi.

Od roku szkolnego 2004/2005 do chwili obecnej dyrektorem szkoły jest Edyta Szóstko – Łapińska. 11 lutego 2014 roku Rada Miejska w Zabłudowie jednogłośnie podjęła Uchwałę w sprawie nadania imienia Sybiraków Szkole Podstawowej w Rafałówce. Od początku szkoła miała poparcie władz gminnych oraz ówczesnego burmistrza Zabłudowa – Jacka Lulewicza. Dzięki ogromnemu zaangażowaniu rodziców, osób prywatnych i instytucji zebrano fundusze na wykonanie sztandaru.

         15 czerwca 2014 roku uroczyście nadano szkole imię Sybiraków oraz poświęcono i przekazano sztandar. Oprócz wielu pocztów sztandarowych w uroczystości wzięli udział: Sybiracy z okolic Zabłudowa i Białegostoku, z Tadeuszem Chwiedziem – prezesem Zarządu Głównego Związku Sybiraków w Warszawie; Jerzy Kiszkiel – Podlaski Kurator Oświaty, Jerzy Bołtuć – prezes Podlaskiego Stowarzyszenia Pamięci Zesłańców Sybiru, Robert Sadowski – dyrektor Muzeum Wojska w Białymstoku, Jacek Waldemar Lulewicz – burmistrz Zabłudowa oraz Teresa Teofilewicz przewodnicząca Rady Miejskiej w Zabłudowie.

         9 listopada 2015 roku odbyła się w Szkole Podstawowej im. Sybiraków w Rafałówce uroczystość odsłonięcia i poświęcenia tablicy ufundowanej przez Radę Rodziców, upamiętniającej wywózki na Sybir 10 lutego i 13 kwietnia 1940 roku mieszkańców z terenu obecnej gminy Zabłudów.

        27 kwietnia 2021 roku w asyście pocztu sztandarowego, uroczyście odsłonięto pamiątkową tablicę ufundowaną szkole przez Zenona Puchalskiego. Zenon Puchalski to jeden z ostatnich żyjących Sybiraków wywiezionych na Syberię 10 lutego 1940 roku z miejscowości Zacisze, a zarazem Przyjaciel Szkoły. Po latach wydał książkę „Z Zacisza na Syberię”, w której opisał tragiczne losy swojej rodziny oraz innych zesłańców. Tablica jest wyrazem wdzięczności dla dyrektor placówki – Edyty Szóstko-Łapińskiej oraz całej społeczności szkolnej za upamiętnianie w środowisku lokalnym historii o Golgocie Wschodu.

        Statuetka Przyjaciela Szkoły Podstawowej im. Sybiraków w Rafałówce jest wręczana od 2020 roku. Po panu Zenonie Puchalskim otrzymali ją Marianna Picewicz oraz Piotr Ostapowicz – rodzice od lat wspierający placówkę we wszystkich jej działaniach. 

       Społeczność szkolna jest dumna z patrona. Od wielu lat cyklicznie podejmowane są w szkole działania związane z tematyką sybiracką, jak m. in. obchody rocznic wywózek, wystawy i konkursy tematyczne, opieka nad pomnikiem – obeliskiem w Zaciszu, spotkania z Sybirakami oraz od 2014 roku obchody Święta Szkoły. 17 września 2022 roku sztandar szkoły został odznaczony Odznaką Honorową Sybiraka za zaangażowanie społeczności szkolnej w działalność na rzecz upamiętnienia historii o wywózkach na nieludzka ziemię.  W dowód uznania także dyrektor oraz najbardziej zaangażowani nauczyciele zostali uhonorowani odznakami zasłużonych dla Związku Sybiraków, co jeszcze bardziej obliguje wszystkich pracowników szkoły do kultywowania pamięci o tragicznych kartach historii, jaką były zesłania oraz przekazywania tej wiedzy młodemu pokoleniu.